Khai báo thủ tục hải quan điện tử: Hướng dẫn mới nhất 2025

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ, khai báo thủ tục hải quan điện tử đang trở thành tiêu chuẩn bắt buộc đối với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu tại Việt Nam. Hình thức này không chỉ giúp rút ngắn thời gian làm thủ tục, mà còn giảm thiểu chi phí, tăng tính minh bạch và kiểm soát. Tuy nhiên, để thực hiện hiệu quả, doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình, lưu ý các điểm kỹ thuật quan trọng và hiểu rõ trường hợp nào phù hợp với hình thức khai báo này. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp toàn diện những thông tin cần thiết, từ khái niệm, quy trình chuẩn đến các lợi ích và rủi ro có thể gặp phải khi áp dụng hình thức khai báo hải quan điện tử.

Khai báo thủ tục hải quan điện tử là gì?

Khai báo thủ tục hải quan điện tử là quy trình doanh nghiệp gửi thông tin tờ khai và chứng từ liên quan đến cơ quan hải quan thông qua hệ thống điện tử (VNACCS/VCIS), thay vì nộp hồ sơ giấy truyền thống. Đây là bước quan trọng để hàng hóa xuất nhập khẩu được thông quan nhanh chóng, đúng luật.

Từ năm 2025, hầu hết doanh nghiệp tại Việt Nam bắt buộc sử dụng phương thức khai báo điện tử theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan nhằm rút ngắn thời gian xử lý, minh bạch thông tin và giảm thiểu chi phí.

Trường hợp nào phù hợp với khai báo hải quan điện tử?

Hiện nay, hình thức khai báo hải quan điện tử được khuyến khích áp dụng rộng rãi trong hoạt động xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, không phải tất cả các loại hàng hóa đều bắt buộc hoặc phù hợp để khai báo qua hệ thống điện tử. Theo quy định của pháp luật, cụ thể tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP, một số trường hợp sau đây có thể lựa chọn khai báo hải quan điện tử hoặc khai báo trên giấy:

• Hàng hóa của cư dân biên giới: Áp dụng với hàng hóa được vận chuyển qua lại khu vực biên giới theo quy định riêng.

• Hàng vượt định mức miễn thuế của người xuất nhập cảnh: Trong trường hợp hành lý mang theo vượt mức miễn thuế, có thể lựa chọn hình thức khai báo phù hợp.

• Hàng viện trợ, cứu trợ nhân đạo và phục vụ quốc phòng, an ninh: Bao gồm hàng hóa được đưa vào hoặc đưa ra Việt Nam với mục đích đặc biệt, không mang tính thương mại.

• Hàng là quà biếu, quà tặng hoặc tài sản di chuyển cá nhân: Trường hợp này thường xảy ra khi cá nhân di cư, về nước hoặc gửi tặng.

• Phương tiện chứa hàng quay vòng: Các loại container, bình chứa, pallet… được tạm nhập – tái xuất hoặc tạm xuất – tái nhập theo chu trình hoạt động.

• Hàng hóa phục vụ công việc tạm thời mang theo khi xuất/nhập cảnh: Dành cho các chuyên gia, kỹ thuật viên, người làm việc ngắn hạn mang theo thiết bị để sử dụng trong thời gian lưu trú.

• Hệ thống điện tử bị gián đoạn: Trong trường hợp hệ thống khai báo điện tử gặp sự cố kỹ thuật (từ phía doanh nghiệp, cơ quan hải quan hoặc khách quan khác), doanh nghiệp có thể chuyển sang hình thức khai báo thủ công bằng giấy.

• Các trường hợp đặc biệt khác: Theo hướng dẫn và quyết định cụ thể của Bộ Tài Chính tùy từng thời điểm.

So sánh: Lợi ích & hạn chế khi khai báo thủ tục hải quan điện tử

Mặc dù có một số bất lợi về kỹ thuật và yêu cầu nhân sự chuyên môn, khai báo hải quan điện tử vẫn là giải pháp tối ưu, bắt buộc cho phần lớn doanh nghiệp xuất nhập khẩu hiện nay. Để tránh rủi ro, nhiều doanh nghiệp chọn thuê ngoài dịch vụ logistics chuyên nghiệp như Kiến Đỏ để được hỗ trợ từ A-Z. 

Quy trình khai báo hải quan điện tử chuẩn nhất hiện nay

Khai báo hải quan điện tử hiện là hình thức phổ biến, bắt buộc đối với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu tại Việt Nam. Dưới đây là quy trình chi tiết 7 bước giúp bạn dễ dàng hình dung và thực hiện đúng chuẩn theo hệ thống VNACCS/VCIS:

Bước 1: Đăng ký chữ ký số & cài đặt phần mềm khai báo

Trước khi bắt đầu, doanh nghiệp cần:

• Đăng ký chữ ký số (token) với Tổng cục Hải quan.

• Cài đặt phần mềm khai báo như ECUS5/VNACCS hoặc phần mềm tương thích được cấp phép.

Đây là điều kiện tiên quyết để khai báo được trên hệ thống điện tử.

Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ, chứng từ điện tử

Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ và chính xác các loại giấy tờ:

• Invoice (Hóa đơn thương mại)

• Packing List (Phiếu đóng gói hàng hóa)

• Bill of Lading (Vận đơn)

• CO, CQ (nếu có)

• Hợp đồng mua bán

• Giấy phép nhập khẩu (với hàng hóa có điều kiện)

Tất cả chứng từ nên scan định dạng PDF để đính kèm khi khai báo.

Bước 3: Khai thông tin xuất khẩu – EDA (nếu là hàng xuất khẩu)

• Sử dụng nghiệp vụ EDA để khai thông tin hàng xuất khẩu lên hệ thống.

• Sau khi gửi EDA, hệ thống sẽ cấp số và lưu trữ tự động.

• Đây là bước trước khi đăng ký tờ khai chính thức cho lô hàng xuất khẩu.

Bước 4: Đăng ký tờ khai hải quan – EDC

• Nhập các thông tin chi tiết về hàng hóa, mã HS, trị giá, số lượng, biểu thuế,…

• Kiểm tra lại toàn bộ dữ liệu đã nhập.

• Nếu có sai sót, sử dụng EDB để sửa đổi trước khi gửi.

Sau khi hệ thống tiếp nhận, tờ khai sẽ chính thức được ghi nhận và chuyển đến bước phân luồng.

Bước 5: Phân luồng – Kiểm tra – Thông quan

Hệ thống sẽ tự động phân luồng tờ khai:

Doanh nghiệp cần phối hợp với cơ quan hải quan hoặc đơn vị logistics để kiểm tra và xử lý nhanh chóng.

Bước 6: Sửa đổi, bổ sung (nếu cần)

• Nếu có sự khác biệt về thông tin, hàng hóa thực tế hoặc cần cập nhật thông tin khác, sử dụng chức năng sửa đổi sau thông quan (Post-clearance audit).

• Mọi thay đổi phải kèm theo giải trình hợp lý để được hệ thống chấp thuận.

Bước 7: Nộp thuế & hoàn tất thông quan

• Doanh nghiệp tiến hành nộp thuế điện tử qua hệ thống ngân hàng liên kết.

• Sau khi xác nhận thuế đã nộp và hồ sơ hợp lệ, hệ thống sẽ trả kết quả thông quan, cho phép lấy hàng tại cảng/kho.

Lưu ý khi thực hiện khai báo hải quan điện tử

Để quá trình khai báo hải quan điện tử diễn ra suôn sẻ, chính xác và tránh bị gián đoạn hoặc từ chối thông quan, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý một số điểm sau:

Kiểm tra và sử dụng mã HS code chính xác

• Mã HS (Harmonized System) là căn cứ để xác định thuế suất và chính sách quản lý đối với từng loại hàng hóa.

• Việc khai sai mã HS có thể dẫn đến sai lệch thuế, bị phân luồng đỏ hoặc bị xử phạt hành chính nếu cơ quan hải quan phát hiện.

• Hãy tra cứu kỹ hoặc tham khảo ý kiến của chuyên gia/tư vấn để đảm bảo tính chính xác.

Định dạng tệp đính kèm phải đúng chuẩn

• Các loại chứng từ điện tử như hóa đơn thương mại, vận đơn, hợp đồng, packing list,… cần được đính kèm đúng định dạng (thường là PDF, Word, XML).

• Tên file nên đặt rõ ràng, không có ký tự đặc biệt và theo thứ tự logic để thuận tiện kiểm tra và tra cứu.

Luôn sao lưu và lưu trữ dữ liệu khai báo

• Tất cả tờ khai điện tử, chứng từ, biên lai nộp thuế nên được lưu trữ đầy đủ, tốt nhất là cả trên máy tính lẫn hệ thống lưu trữ đám mây (Google Drive, OneDrive…).

• Việc này không chỉ giúp doanh nghiệp đối chiếu khi cần mà còn phục vụ thanh tra, kiểm toán hoặc giải trình sau thông quan.

Theo dõi trạng thái hệ thống VNACCS/VCIS

• Tránh khai báo vào những thời điểm hệ thống bảo trì hoặc gặp sự cố, vì dễ bị gián đoạn và lỗi kết nối.

• Nên kiểm tra website Tổng cục Hải quan hoặc thông báo từ phần mềm ECUS5/VNACCS để biết lịch bảo trì.

• Luôn đảm bảo đường truyền mạng ổn định và thiết bị hoạt động tốt trong quá trình khai báo.

Cập nhật chính sách và quy định mới

• Chính sách hải quan, biểu thuế, quy trình khai báo,… có thể thay đổi theo từng thời điểm.

• Doanh nghiệp nên thường xuyên theo dõi Cổng thông tin hải quan hoặc tham khảo đơn vị dịch vụ chuyên nghiệp để luôn cập nhật đúng.